Das Ökumenische Asylforum wurde in den 1980er-Jahren durch den Caritasverband Freiburg-Stadt e. V. und das Diakonische Werk ins Leben gerufen. Insbesondere durch den Bürgerkrieg im damaligen Jugoslawien stieg die Zahl der geflüchteten Menschen in Freiburg stark an. Daraufhin bildeten sich bei vielen katholischen und evangelischen Kirchengemeinden Helferkreise für die Unterstützung geflüchteter Menschen. In dieser Zeit war das Ökumenische Asylforum als Vertretung der Helferkreise von großer Bedeutung. Die angeschlossenen Gruppen wurden von Mitarbeitenden der beiden genannten Wohlfahrtsverbände begleitet und unterstützt.
Heute wird das Ökumenische Asylforum vom Trägerverbund aus dem Caritasverband Freiburg-Stadt e.V., dem Diakonischen Werk Freiburg und der Arbeitsgemeinschaft Christlicher Kirchen und Gemeinden in Freiburg (ACK) koordiniert. An den Veranstaltungen des Forums nehmen regelmäßig Vertreterinnen und Vertreter aus Helferkreisen im Raum Freiburg teil.